13年前―。人里離れた研究所のスーパーコンピューターにバグが発生。意思を持って暴走し、人々を襲ってきた。人類は大きな犠牲を払い、研究所ごと亜空間に転送、当面の危機は回避された。しかし、亜空間に転送されたメサイア率いる“ヴァグラス”は完全に滅びたわけではなく、この世界と人類を支配するため密かに体制を整えていたのだ。そして人類も、ヴァグラス襲来に備え、『特命戦隊ゴーバスターズ』を結成していた。事件から13年―、時は新西暦2012年（N.C.2012）。都市生活を支える新エネルギ“エネトロン”を狙い、ヴァグラスが出現。今こそ出撃の時！人々を守る特命を帯びて戦う“ゴーバスターズ”が、相棒の“バディロイド”とともヴァグラスに立ち向かう！